Był najdłużej urzędującym dyrektorem ogrodu zoologicznego w Polsce.
W 2019 roku ogród zoologiczny obchodził 90-lecie isnitenia. Skotnicki kierował nim od 1975, a więc przez połowę tego czasu. Skotnicki był absolwentem Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi Uniwersytetu Jagiellońskiego (1959-1964). Po studiach, przez 11 lat, pracował w Zakładzie Żywienia Zwierząt Instytutu Zootechniki w Krakowie. Po doktoracie, w roku 1970, odbył roczny staż naukowy w Instytucie Maxa Plancka w Republice Federalnej Niemiec.
Pracę w Miejskim Parku i Ogrodzie Zoologicznym rozpoczął 2 stycznia 1975 roku, kierował wówczas krakowskim ZOO i zarządzał Lasem Wolskim. W 1993 roku, po likwidacji państwowych przedsiębiorstw, objął stanowisko dyrektora Fundacji Miejski Park i Ogród Zoologiczny w Krakowie. Rada Miasta Krakowa powierzyła fundacji prowadzenie zoo i zarządzanie wszystkimi lasami komunalnymi leżącymi w granicach zminy.
Józef Skotnicki zmodernizował zoo, za jego czasów został przywrócony pierwotny wygląd Kopca Niepodległości im. Józefa Piłsudskiego w Lesie Wolskim.
