Wstępne rozmowy z Ministerstwem Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Muzeum Narodowym w Krakowie zakładają, że miasto pozostanie właścicielem budynku, a dalszy remont przeprowadzi muzeum, co pozwoli dostosować przestrzeń pod potrzeby przyszłej ekspozycji cennych pamiątek.
Starania miasta o odzyskanie budynku rozpoczęły się w 2013 roku. Złożony został wówczas pozew przeciwko: Związkowi Legionistów Polskich (ZLP), Instytutowi Józefa Piłsudskiego, Federacji Polskich Związków Obrońców Ojczyzny, Fundacji Oleandry im. Józefa Piłsudskiego i Edwarda Śmigłego, Hurtowni Artykułów Sportowych o wydanie nieruchomości zabudowanej Domem im. Józefa Piłsudskiego.
Walka w sądzie
W 2014 roku sąd wydał wyrok nakazujący wydanie nieruchomości, jednak Związek złożył apelację, po której sprawa została skierowana do ponownego rozpoznania. Podstawą uchylenia wyroku była negatywna ocena ustaleń sądu pierwszej instancji − nierozpoznanie zarzutów ZLP o zatrzymaniu nieruchomości z uwagi na zgłoszone przez Związek nakłady poniesione na budynek. Po powrocie sprawy do ponownego rozpoznania przez pierwszą instancję postępowanie sądowe pozostało zawieszone z uwagi na wniosek Związku o zasiedzenie nieruchomości. W tym czasie miasto, wiedząc o katastrofalnym stanie budynku, podjęło decyzję o wyremontowaniu dostępnych części obiektu.
W 2019 r. sąd okręgowy uznał, że Związek Legionistów Polskich nie ma prawa do zasiedzenia. To prawomocne orzeczenie otworzyło drogę do wejścia do budynku oraz umożliwiło złożenie przez miasto wniosku do sądu o podjęcie postępowania o wydanie nieruchomości. W marcu 2020 roku w krakowskim sądzie rejonowym zapadł wyrok w sprawie wydania budynku. Sąd zobowiązał Związek Legionistów Polskich do wydania nieruchomości w terminie do dwóch miesięcy od dnia uprawomocnienia się wyroku.
W kwietniu 2020 roku Związek pozwał miasto na 7,5 mln złotych z tytułu promocji Krakowa. Ze względu na brak podstawy prawnej do takiego roszczenia pełnomocnik Związku powołał się na artykuł o bezpodstawnym wzbogaceniu. Argumentował, że miasto wzbogaciło się dzięki oszczędnościom wynikającym z tego, że to Związek utrzymywał budynek przy al. 3 Maja 7 i prowadził w nim Muzeum Czynu Niepodległościowego.
Wyrokiem z 21 września 2021 roku sąd oddalił powództwo Związku Legionistów Polskich przeciwko gminie Kraków. W oddaleniu pozwu sąd orzekł, że roszczenia dotyczące promocji nie mają żadnych podstaw prawnych, a przepisy o bezpodstawnym wzbogaceniu nie mają w tej sprawie zastosowania. Od tego wyroku Związek złożył apelację, która została oddalona 10 października 2023 roku